تازه ترین تعریف اندوفیت­ها « باکتری یا قارچی» است که برای تمام یا بخشی از زندگی خود به بافت­های گیاهان زنده حمله می­کنند. درمعنای تجربی، اندوفتیک­ها باکتری­های جدا شده از درون گیاه هستند که هیچ مشخصه یا نشانه­ای از بیماری ایجاد نمی­کنند .(Wilson; 1995)باکتری­های اندوفیتیک در یک جایگاه اکولوژیکی شبیه به پاتوژن­ها کلونیزه می­شوند اما با میکروارگانیسم­های پاتوژن گیاه تفاوت دارند، چون در گیاه بیماری ایجاد نمی­کنند و با میکروارگانیسم­های (روی گیاه) که درسطح بافت و اندام گیاهی زندگی می­کنند نیز تفاوت دارند که به عنوان عوامل موثر بیوکنترلی شناخته شده­اند.(Hallmann et al;1997)  تا به حال اکثر اندوفتیک­های جدا شده از گیاه، قارچ هستند. اندوفیت­ها در همه جا حضور دارند و ازتنوع زیستی غنی هستند بیش از 300000 گونه گیاهی بر روی زمین وجود دارد که هر

 گونه گیاهی، میزبان یک یا چند اندوفیت است. تخمین زده شده که بیش از یک میلیون گونه اندوفتیک مختلف وجود دارند که تنها تعداد انگشت شماری از آنها شرح داده شده است (Sadrati et al; 2013, Stępniewska and Kuźniar; 2013).

تفاوت در تجمع اندوفیت­ها در بافت­های مختلف نشان دادند که برخی از اندوفیت­ها به بافت­های خاصیت مایل دارند که این ممکن است بازتابی از ظرفیت آنها برای استفاده و یا زنده ماندن در یک محیط خاص باشد.(Dauod et al; 2013) جمعیت اندوفیتک­ها توسط تعدادی از فاکتور­های بیولوژیکی ومحیطی مثل : نوع گیاه، سن گیاه، نوع بافت، زمان نمونه­برداری، شرایط محیطی خاک تحت تاثیر قرار می­گیرد(Stępniewska and Kuźniar; 2013 ,Conn and Franco; 2003) علاوه براین ژنوتیپ گیاه می­تواند جمعیت میکروبی ریزوسفر را تحت تاثیر قرار دهد، بنابر این جمعیت اندوفیت­ها در شرایط کلون شدن تحت تاثیر ژنوتیپ گیاه قرارمی­گیرد (Smith and coodman; 1999, Stępniewska & Kuźniar; 2013) که استرس­های پاتوژنی نیز اثر قابل توجهی در جمعیت اندوفتیک­ها نسبت به ژنوتیپ گیاه دارند (Reiter. et al ; 2002) علاوه بر این­ها، مسیر­های متابولیکی میکروبی نیز نقش مهمی در تنوع اندوفیت­ها بازی می­کنند(Stępniewska & Kuźniar;2013). یکی از فاکتور­هایی که به مقدار زیاد روی تنوع جمعیت اندوفیت­ها اثر می­گذارد، تغییرات جغرافیایی است که در آب و هوای معتدل، تجمع اندوفیتیک غنی­تر از نواحی گرمسیری و سرد جهان است(Fisher et al; 1995 , Arnold and Lutzoni; 2007) قبلا بر این باور بودند که اندوفیت­ها از تکامل میتوکندری و کلروپلاست در سلول گیاهی و بعد زمینه ژنتیکی شبیه به میزبان شکل گرفته­اند در حالی که بعدا بر این باور شدند که اندوفیت­ها از بیرون به درون گیاه از طریق سطح ریشه زخمی و یا ایجاد کانال وارد می­شوند(Zhenhua et al; 2012).

اندوفیت­ها می­توانند با گیاه رابطه داشته باشند و همچنین می­توانند به گیاهان دیگر کلون شوند و علاوه بر این می­توانند باعث افزایش مقاومت میزبان در برابر عوامل مختلف زنده و غیر­زنده­ای که تحدید­کننده هستند بشوند و نقش مهمی در کنترل بیولوژیکی و ترویج رشد گیاه و همچنین افزایش متابولیت­های فعال زیستی دارندZhenhua et al; 2012)).

باکتری­های اندوفتیک می­توانند مولکول­های کوچک اندولی مثل: ایندول­استیک­اسید، ایندول­گلایسین را تولید کنند که هورمون­های رشدی گیاه را سنتز کرده و به بهبود رشد گیاه کمک می­کنند. متابولیت­های فعال زیستی بدست آمده از میکروب­ها یا اندوفتیک­ها با خاصیت، ضدمیکروبی، ضدویروس، ضدسرطان، آنتی­اکسیدان، ضددیابت و سیستم ایمنی کشف شدند(Chiristiana et al; 2013) که علاوه برای این اندوفیت­ها به عنوان منبع مناسبی از میکروارگانیسم­ها و ژن به شمار می­روند (Zhenhua et al; 2012).